本产品基于先进的从头设计技术，采用RFdiffusion扩散模型，通过对蛋白质功能片段的精确结构支架化与优化设计，快速生成具有高亲和力结合能力的短肽。RFdiffusion技术利用深度学习驱动的扩散过程，能够从随机起始结构逐步生成具有特定功能的高精度蛋白质或短肽结构，这一过程无需依赖天然模板，极大提升了设计的灵活性和创新性。该技术广泛应用于靶向治疗药物开发、抗体设计、酶催化位点优化、金属结合位点设计等领域。与传统设计方法相比，RFdiffusion具备显著优势：一是高效性，无需依赖高通量筛选即可直接获得高亲和力结合短肽，显著缩短设计周期；二是精确性，通过迭代去噪与自我条件化机制，确保侧链位置与整体结构预测的高度准确；三是定制化，能够根据特定靶点、结合位点或功能需求，灵活设计输出符合要求的短肽序列和结构，充分满足不同研究场景的需求。

一.服务流程

1.靶蛋白结构分析：获取靶蛋白的三维结构特征，分析疏水界面和热点残基，精准定位靶点区域。

2.骨架生成：利用RFdiffusion扩散模型，通过迭代去噪过程逐步生成符合目标功能的7-11个氨基酸长度的短肽结构。

3.序列设计：完成骨架结构设计后，结合ProteinMPNN等序列设计工具，优化短肽的氨基酸序列以适配生成的蛋白骨架。

4.虚拟筛选：引入 AlphaFold 3 (AF3)依托 AF3 领先的复合物预测能力（pLDDT & PAE matrix），在湿实验前剔除假阳性，提供高亲和力潜力的候选短肽列表。